Вы забыли прописать в конфиге lighttpd разрешение на исполнение .py файлов. в секции cgi у вас должно быть так:
#### CGI module
cgi.assign = ( ".pl" => "/opt/bin/microperl",
".cgi" => "/opt/bin/microperl",
".py" => "/opt/bin/python3",
".sh" => "/opt/bin/bash" )