Начну с конца... Обновляются они по мере готовности новых сигнатур... Но не чаще чем раз в час. Иногда и по два дня не обновляются. Такое часто бывает.
Испорченные компоненты. В идеале надо вначале закачивать, что необходимо и только потом менять структуру зеркала. От этого не уйти.
Неоптимальность. Тут один единственно верный вариант. Второй из Ваших предложенных. По поводу отдачи... Отдают-то они все достаточно быстро, а вот авторизуют иногда очень долго.
Как все таки правильно делать зеркало. Выкачивать нада то что обновилось. Это однозначно. Другой вопрос, что нада бы еще подтирать, то что стало не нужно.
Судить Вас строго не собираюсь. :-) И когда сам лепил это и сейчас опираюсь на несколько требований.
1. Зеркало должно всегда иметь самые новые обновления с официальных серверов на момент обновления этого зеркала.
2. Зеркало всегда должно быть доступно и работоспособно пусть и не с самыми новыми базами независимо от того обновляется ли оно или там какие-то проблемы неизвестно с чем.