Отучить transmission гадить в syslog можно указанием ему собственного лог-файла при запуске ключом "-e".
Например в init.d скрипте к ARGS="-g /opt/etc/transmission -e /opt/var/log/transmission-daemon.log"
Я так понимаю Вы говорите про S95transmission? Если да, подскажите пожалуйста, где найти ARGS? Если открыть s95 для редактирования такого параметра там нет...