There is a script which can be used to run rTorrent on system startup suggested here: http://libtorrent.rakshasa.no/wiki/RTorrentCommonTasks

So, I have slightly modified it and put in /opt/etc/init.d/S99rtorrent
It starts rtorrent as user p2p with configuration file located in /opt/etc/rtorrent.conf and working directory /opt/share/torrent

PHP Code:
# !/bin/sh
#############
###<Notes>###
#############
# This script depends on screen.
# For the stop function to work, you must set an
# explicit session directory using absolute paths in your rtorrent.rc.
# If you typically just start rtorrent with just "rtorrent" on the
# command line, all you need to change is the "user" option.
# Attach to the screen session as your user with
# "screen -dr rtorrent". Change "rtorrent" with srnname option.
##############
###</Notes>###
##############


#######################
##Start Configuration##
#######################
# You can specify your configuration in a different file
# (so that it is saved with upgrades, saved in your home directory,
# or whateve reason you want to)
# by commenting out/deleting the configuration lines and placing them
# in a text file (say /home/user/.rtorrent.init.conf) exactly as you would
# have written them here (you can leave the comments if you desire
# and then uncommenting the following line correcting the path/filename
# for the one you used. note the space after the ".".
# . /etc/rtorrent.init.conf


#Do not put a space on either side of the equal signs e.g.
# user = user
# will not work
# system user to run as (can only use one)
user="p2p"

# the full path to the filename where you store your rtorrent configuration
# must keep parentheses around the entire statement, quotations around each config file
#config=("/home/${user}/.rtorrent.rc")
config=("/opt/etc/rtorrent.conf")
# Examples:
# config=("/home/user/.rtorrent.rc")
# config=("/home/user/.rtorrent.rc" "/mnt/some/drive/.rtorrent2.rc")
# config=("/home/user/.rtorrent.rc"
# "/mnt/some/drive/.rtorrent2.rc"
# "/mnt/another/drive/.rtorrent3.rc")

# set of options to run with each instance, separated by a new line
# must keep parentheses around the entire statement
#if no special options, specify with: ""
options=("-n -o import=/opt/etc/rtorrent.conf")
# Examples:
# starts one instance, sourcing both .rtorrent.rc and .rtorrent2.rc
# options=("-o import=~/.rtorrent2.rc")
# starts two instances, ignoring .rtorrent.rc for both, and using
# .rtorrent2.rc for the first, and .rtorrent3.rc for the second
# we do not check for valid options
# options=("-n -o import=~/.rtorrent2.rc" "-n -o import=~/rtorrent3.rc")

# default directory for screen, needs to be an absolute path
#base="/home/${user}"
base="/opt/share/torrent"

# name of screen session
srnname="rtorrent"
#######################
###END CONFIGURATION###
#######################
PATH=/opt/local/bin:/opt/sbin:/opt/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin
DESC
="rtorrent"
NAME=rtorrent
DAEMON
=/opt/bin/$NAME
SCRIPTNAME
=/opt/etc/init.d/S99rtorrent

# Gracefully exit if the package has been removed.
test -x $DAEMON || exit 0

checkcnfg
() {
  for (( 
i=< ${#config[@]} ;  i++ )) ; do
        
if ! [ -"${config[i]}] ; then
                
echo "cannot find readable config ${config[i]}. check that it is there and permissions are appropriate">&2
                
exit 3
        fi
        session
=$(cat "${config[i]}grep "^[[:space:]]*session" sed "s/^[[:space:]]*session[[:space:]]*=[[:space:]]*//")
        if ! [ -
"${session}] ; then
                
echo "cannot find readable session directory ${session} from config ${config[i]}. check permissions">&2
                
exit 3
        fi
  done
}

d_start() {
logger "Starting."
  
[ -"${base}] && cd "${base}"
  
stty stop undef && stty start undef
  su 
-"screen -ls | grep "\.${srnname}[[:space:]]" > /dev/null" ${user} || su -"screen -dm -S ${srnname}${user}
  for (( 
i=< ${#options[@]} ; i++ )) ;  do
    
sleep 3
    su 
-"screen -S "${srnname}" -X screen rtorrent ${options[i]}${user}
  
done
}

d_stop() {
  for (( 
i=< ${#config[@]} ; i++ )) ; do
        
session=$(cat "${config[i]}grep "^[[:space:]]*session" sed "s/^[[:space:]]*session[[:space:]]*=[[:space:]]*//")
        
pid=$(cat ${session}/rtorrent.lock awk -F'{print($2)}' sed "s/[^0-9]//g")
        
# make sure the pid doesn't belong to another process
        # skip the pid otherwise
        
if ps -grep ${pid}.*rtorrent > /dev/null then
                kill 
-s INT ${pid}
        
fi
  done
}

checkcnfg

case "$1" in
  start
)
        echo -
"Starting $DESC$NAME"
        
d_start
        
echo "."
        
;;
  
stop)
        echo -
"Stopping $DESC$NAME"
        
d_stop
        
echo "."
        
;;
  
restart|force-reload)
        echo -
"Restarting $DESC$NAME"
        
d_stop
        sleep 1
        d_start
        
echo "."
        
;;
  *)
        echo 
"Usage: $SCRIPTNAME {start|stop|restart|force-reload}" >&2
        
exit 1
        
;;
esac

exit