Давайте не будем извращаться и будем использовать нативные фс? Вы винхп на вфат ставите? Нет, не на фат32, а на вфат? Нет? Ну так и используйте на роутере ext2/3 (xfs, raiser и прочие прелести линуха).
Если уж так нужна совместимость между двумя осями - велком то ворлд оф фат32 с его глюками и ограничениями (нежурналируемая фс, ограничение на размер файла и т.п.).
WL-500gPv2 (1.9.2.7-10) + Seagate 80G IDE (Jou Jye UB-102B2) + hp1022
lighttpd vhosts, auth + logrotate + rtorrent + ADOS + rTorrent WebUI + rrdtool + vsftpd + nodupdate +openvpn