у меня по симптоматике бывает два варианта:
- отваливается dropbear, web-морда и интернет;
- отваливается только dropbear и web-морда.
Судя по тому, что в три часа ночи туда льется бэкап (NFS), и логи такие же, а с утра в подавляющем полшинстве случаев все работает (битые торренты иногда присутствуют), ваша идея ram-swapper сильно правдоподобна.