Имею такую же байду. При этом ситуация очень неустойчивая - "дикая очередь" наблюдается только с одной из моих площадок. С других все нормально, с проблемной площадки на винт прямо на роутере - тоже нормально.
Причем проблема именно с аплоадом в локалку сквозь роутер, и безразлично, принимает их ftp в режиме port, passive или вообще scp. Если же я тупо делаю изнутри wget проблемная-площадка/чего-нибудь-толстое, то всасывается все на ура.
Такое ощущение, что на роутере как-то коряво работает связка conntrack/dnat.