Вы чем-то странным занимаетесь, извините.
1) Теоретически работа на разных хостах при должной настройке осуществима, практически же бОльшая часть плагинов работать не будет.
2) Смысл переноса на нетбук именно rtorrent от меня ускользает. Вся прелесть работы данного клиента на роутере в том, что он работает именно на роутере. Т.е. медленно, но - 24 часа в сутки. У Вас нетбук включен 24 часа в сутки?
Если таки очень хочется - следует не пробрасывать порты, а корректно прописать $scgi_host в conf.php и поставить плагин rpc. Не забыв, разумеется, открыть $scgi_port.
Никогда.
Корректно настроить клиент. Не закачивать одновременно более, чем 2 торрента (раздавать можно хоть сотню). Не лезть к веб-морде в момент хеширования больших файлов.
Если все совсем плохо - пользовать консоль и забыть про веб-морду.