- либо бедулька с поверхностью USB-диска,
- либо в момент старта transmission диск недоступен, как-то: не успел примонтироваться, отвалился из-за нехватки питания\перегрева и пр.,
- либо каким-либо скриптом в неподходящий момент отмонтируется раздел /opt и transmission начинает сваливать результаты работы в tmpfs, через минуту переполняя его.
Первые два симптома будут отражены соответствующими сообщениями в syslog'e, а третье - мониторингом свободного места командой df -h.
ИМХО.