идеи пока закончились. основная причина, ИМХО, - серый адрес, но почему качает uTorrent, не понятно.
когда качаете через uTorrent, Yota воткнута в комп или в роутер?
P.S. rtorrent.conf сделайте, как я предлагаю, и обновленный post-firewall приведите, пожалуйста
тоже может быть из-за серого адреса, но я не знаю как работает DHT
P.P.S. Попробуйте скачать раздачу с torrents.ru, где количество сидов > 1000.
P.P.P.S. Я бы не стал качать с серым адресом - рейтинг очень низкий.

