Прописывайте явные пути в /opt/share/www/rutorrent/conf/users/config.php
Можно зайти в консоль rtorrent и посмотреть чем он в данный момент занят.
Ни разу не было. Могу лишь предположить, что у вас два носителя/раздела для торрент-контента и размещения репозитория, причём первый иногда монтируется позже запуска rTorrent'а.