в rtorrent можно выбирать каталог для загрузки торрента. ctrl+o кажется. Торрент должен быть stopped (ctrl + d). Через веб-гуи тоже, вероятно, это можно, но у меня так и не получилось его нормально настроить. про transmission не могу точно сказать, но сейчас на него перехожу, т.к. rtorrent не работает с ntfs и косячит с кодировками.