Вообщем, так и должно быть. Связано это с тем, что веб-морда не знает, каким именно образом был добавлен торрент - на интерфейсе добавления теперь есть галка "не добавлять директорию торрента к пути". Т.е. нет возможности определить, принадлежит ли верхняя директория удаляемому торренту, или она используется для чего-то еще.Файлы стирает, но директории остаются.
Просьба всем, у кого наблюдается подобное безобразие.Руками класть .torrent получается, через морду -- ни в какую.
1) Перекачать основной архив и развернуть его поверх существующего.
2) Уточнить, стоит ли плагин comment.
3) Посмотреть, что при попытке добавления пишется в логе rtorrent-a (открыть консоль rtorrent и нажать L, выход из режима - пробел и Ctrl-A+D)
4) Посмотреть, нет ли сообщений в логе lighttpd об ошибках php. Путь к логу прописан в файле конфигурации, у меня это /opt/var/log/lighttpd/error.log)