Ну можно сначала запускать transmisson
# /opt/bin/transmission-daemon -g /tmp/harddisk/torrent/.config
а потом тормозим все торренты...
# sleep 5s
# transmission-remote -n loginassword -t all -S
так же и убивать, сначала
# transmission-remote -n loginassword -t all -S
а потом уже убиваем
# sleep 10s
# killall -q transmission-daemon
ну как-то так...