ext2 в общих случаях не нуждается в дефрагментации.
Не знаю, умеет ли transmission предварительно выделять (preallocate) место для всего размера файла, если нет, то в условиях малого места фрагментация могла иметь место, но чтобы так падала скорость.... Может, там просто большое количество мелких файлов?